Sam van Deventer neemt verschillende maatregelen ter bescherming van het museum en de kunstcollectie. Vooral de dreigende luchtaanvallen zijn een groot risico. Daarom wordt boven op de toren van jachthuis Sint Hubertus een witte cirkel op een blauw vierkant geschilderd waardoor het herkenbaar is als cultureel erfgoed.

Sam krijgt gedaan dat de Duitse Wehrmacht per brief, uit naam van Friedrich Christiansen, Wehrmachtsbefehlshaber in den Niederlanden, verklaart dat het verboden is om Park De Hoge Veluwe te belegeren, als oefenterrein te gebruiken of in het park te jagen. Sam hangt kopieën van de brief op de toegangspoorten en hekwerken van het park, maar kan daarmee niet voorkomen dat een deel van het park door de Duitse luchtmacht wordt ingenomen en gebruikt als militair vliegveld. Ook hiervoor weet Sam, bijgestaan door Anton, een aanzienlijke schadeloosstelling te regelen die de financiële positie van het park sterk verbetert.

Anton voelt zijn einde naderen en schrijft op 26 augustus 1941 aan Mary Lehnkering-Bottler, Van Deventers toekomstige vrouw: ‘Al mijn hoop voor het verder bestaan van het Nationale Park – het juweel, dat ons als levenstaak is nagelaten door onze dierbare overledene – is gevestigd op Sams medewerking en leiding.’ Na een eerste hartaanval vertelt hij aan Sam dat hij zijn papieren heeft verbrand en dat Sam moet handelen alsof hij er niet meer is. Op 5 december 1941 overlijdt hij op 79-jarige leeftijd in zijn stoel voor het raam in jachthuis Sint Hubertus. Hij wordt begraven naast Helene op de zuidhelling van de Franse Berg.

Hoewel het museum gesloten is ontvangt het Nationale Park De Hoge Veluwe gedurende het jaar 31.787 bezoekers. In een zeer summier jaarverslag wordt gesproken van 10.663 personen die het jachthuis bezichtigen, een verhoging ten opzichte van het jaar ervoor. Het jaarverslag meent hierin een groeiende belangstelling voor de architectuur en meubelkunst van ‘Dr. Berlage’ te herkennen. Voorzichtig enthousiast worden plannen gemaakt om in de zomermaanden een gedeelte van het museum voor het publiek te openen en werk van Floris Verster, Jan Voerman, Henri van Daalhoff, Jan Zandleven, William Degouve de Nuncques en Théo Van Rysselberghe ten toon te stellen. De meeste stukken hangen al, als een bominslag in de buurt het plan doorkruist. De werken worden per direct weer opgeslagen in de schuilkelder. 

Sam’s meegaandheid met de bezetter gaat tijdens de oorlog steeds verder. Sinds de zomer van 1942 wordt de schuilkelder van het museum gebruikt voor de opslag van roofkunst. Inbeslaggenomen schilderijen uit Joods bezit worden er tijdelijk opgeslagen. Zo belanden dertien Italiaanse, Vlaamse en Hollandse oude meesters, deels van de Duits-joodse familie Guggenheim en de joodse kunsthandelaar Nathan Katz, in Otterlo. In 1944 worden deze dertien kunstwerken naar Duitsland afgevoerd.

Al in 1941 vraagt Sam de architect Henry van de Velde na te denken over een uitbreiding van het museum. De behoefte om het 'Groote Museum' alsnog te bouwen is eigenlijk nauwelijks meer aanwezig, eerder speelt de gedachte om aan het gebouw een nieuwe vleugel toe te voegen en dat te beschouwen als het definitieve museum. Van de Velde gaat hier in mee en ontwerpt een beeldenzaal, extra kabinetten en een aula voor openingen en presentaties. Anders dan in de rest van het gebouw worden voor de beeldenzaal grote raampartijen bedacht, een opening naar de omliggende natuur.

Van de Velde verblijft een aantal keer voor langere tijd op de Veluwe om de plannen door te spreken met Van Deventer, H.P. Bremmer, Rijksbouwmeester Kees Bremer en de architect Gerrit Baas, die ook nu weer de leiding over de bouw op zich neemt. Ondanks de schaarste aan bouwmaterialen en personeel, wordt in 1943 begonnen. Omdat de bezetter geen toestemming geeft voor de bouw, bekostigt Sam van Deventer het graaf- en funderingswerk voorlopig uit eigen zak. Echter in september 1944 leggen nieuwe oorlogshandelingen rond Arnhem de bouw alsnog stil.